污染是細胞培養(yǎng)的大敵。預防和避免污染是細胞培養(yǎng)成功的關鍵之一。一開始就要十分重視，防止污染，否則會前功盡棄，不僅浪費時間，而且浪費人力、物力，甚至造成無法彌補的損失。 細胞培養(yǎng)中常見的生物污染類型有7種，分別是細菌污染、支原體污染、原蟲污染、黑膠蟲污染、真菌污染、病毒污染以及非細胞污染。他們在細胞培養(yǎng)中污染的特點如下： 
1、細菌：細菌在普通倒置顯微鏡下為黑色細沙狀，根據(jù)感染細菌的不同，可有不同的外形，培養(yǎng)液一般會渾濁變黃，對細胞生長影響明顯。   
2、支原體：黑色的，好象多為多形，培養(yǎng)液一般培養(yǎng)液一般會渾濁，原體感染，國內血清很多都沒有做支原體陰性檢測，而支原體是牛血清中zui常見的微生物之一。而且它不能用過濾的辦法除去。支原體感染細胞以后，細胞病變不很明顯，只是慢慢死去。
3、黑膠蟲：可以穿透濾膜，也可以通過空氣傳播，低倍下為黑色點狀，高倍下可看見黑色的小蟲游來游去，培養(yǎng)液也是不渾的，一般不會太影響，細胞還是可以用的。常常是細胞生長狀態(tài)良好，且觀測到的運動物無明顯增多，且培養(yǎng)液顏色、透明度無明顯變化，可在同一批號的血清養(yǎng)的細胞中發(fā)現(xiàn)類似現(xiàn)象。對細胞生長狀態(tài)不會有明顯影響，在細胞增殖旺盛之后會自然消失，除更換血清外無須特殊處理。
4、真菌：一般培養(yǎng)液清亮，不變色，鏡下有絲狀物，有些真菌開始很像死細胞碎片，只是它很多很多的小塊很清楚，象珊瑚狀，不象細胞碎片分不清，慢慢的會長出很細的黑色絲狀物。真菌生長的比較慢，不象細菌那么容易被發(fā)現(xiàn)，但是一旦發(fā)現(xiàn)有它的存在細胞就被污染了，也很難救活了。
5、原蟲：培養(yǎng)液可輕微渾濁，顯微鏡下那些細小的點狀物數(shù)量非常多，輕微活動，細胞雖然可以生長但繁殖速度卻明顯減慢，而且細胞狀態(tài)不好，邊緣不清楚，細胞不透亮。他們與細胞可共生但會與細胞爭奪營養(yǎng)。這種共生是非常普遍的，但他們的數(shù)量小，細胞站優(yōu)勢所以不會影響到細胞的正常生長，只有當他們到達一定的數(shù)量時就會影響到細胞的生長，zui終形成惡性循環(huán)。
6. 病毒：組織細胞培養(yǎng)過程中，如果沒有除去潛在的病毒，就會產生病毒污染。目前，從原代猴腎細胞的培養(yǎng)中已發(fā)現(xiàn)不少于20種血清性病毒。 盡管病毒污染的細胞不影響原代培養(yǎng)，但生產疫苗是不安全的。因此，潛在病毒是細胞大量生產和疫苗、干擾素等生物制品制作中的難題
7、非同種細胞污染 ：即是細胞交叉污染，由于細胞培養(yǎng)操作時各細胞株所需的器材和溶液沒有嚴格分開，往往會使一種細胞被另一種細胞污染。目前，世界上已有幾十種細胞都被HeLa細胞所污染，致使許多實驗宣告無效。非細胞培養(yǎng)物所造成的化學成分的污染也偶有發(fā)生，大多是由于細胞培養(yǎng)所需物品清洗消毒不*而帶入一些有毒化學物質所致。 在上述的八種污染物中，黑膠蟲是現(xiàn)代細胞培養(yǎng)中討論比較多的，但大多數(shù)文獻未對其進行描述或一帶而過，就像上面關于描述黑膠蟲的情況是不完整，還有很多不明的情況。對其身份有多種猜測，到現(xiàn)在都沒有地對黑膠蟲進行分類學上的歸類。黑膠蟲到底是不是一種生物，如果是那黑膠蟲會是何種生物，如果不是，那黑膠蟲會是什么？一系列的問題都懸在奮斗在細胞生物學領域的學者們的心中。